โครงการรถไฟสันติสุขเป็นการต่อยอดจากโครงการต้นกล้าพหุวัฒนธรรมที่เสริมสร้างการเรียนรู้สำหรับเยาวชนในจังหวัดชายแดนภาคใต้ ให้เข้าใจสภาพสังคมที่มีความหลากหลายทางศาสนาวัฒนธรรม และประวัติศาสตร์ สร้างความรัก ความสามัคคี ลดการขัดแย้ง สามารถอยู่ร่วมกันอย่างสันติ โดยมุ่งเน้นการเดินทางผ่านกาลเวลาไปสู่แหล่งอารยธรรมแต่ละพื้นที่ แต่ละยุคแต่ละสมัยร้อยเรียงเป็นเรื่องราว ผสมผสานกับโลกปัจจุบันอย่างกลมกลืน ด้วยประสบการณ์ตรงที่สามารถนำมาประยุกต์ใช้ในการดำรงชีวิตในสังคม เป็นพลเมืองที่มีความเข้มแข็ง เป็นกำลังของชาติ ภายใต้แนวความคิด“รถไฟสันติสุข จากลังกาสุกะ ผ่านยุคศรีวิชัย ก้าวสู่ยุคทวารวดี ถึงยุครัตนโกสินทร์”
ศูนย์การประสานการปฏิบัติที่ 5 กอ.รมน. โดยการอำนวยการและกำกับดูแลของ พล.ท. ประเสริฐ หมวดเชียงคะ ผู้อำนวยการศูนย์การประสานการปฏิบัติที่ 5 กอ.รมน. ได้ดำเนินโครงการรถไฟสันติสุข ตั้งแต่วันที่ 30 มกราคม ถึง 3 กุมภาพันธ์ พุทธศักราช 2569 โดยคัดเลือกเยาวชนจากจังหวัดชายแดนภาคใต้ จำนวน 80 รายเดินทางโดยรถไฟจากภูมิลำเนาของตนเอง ตั้งแต่จังหวัดนราธิวาส จังหวัดยะลา จังหวัดปัตตานี และ จังหวัดสงขลาตามลำดับ หลังจากมีการกระทำพิธีเปิดโครงการรถไฟสันติสุข ณ ชานชาลาสถานีรถไฟยะลา เมื่อวันที่ 30 มกราคม 2569 รถไฟขบวนสันติสุขนำเยาวชนเดินทางมุ่งหน้าสู่กรุงเทพมหานคร เมื่อผ่านจังหวัดนครศรีธรรมราช ได้เข้าไปทัศนศึกษาแหล่งเรียนรู้ประวัติศาสตร์สำคัญของอาณาจักรศรีวิชัย เช่น กำแพงเมืองเก่าเมืองนครศรีธรรมราช พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ มัสยิดกลางนครศรีธรรมราช ต่อมาเดินทางเข้าทัศนศึกษาประวัติศาสตร์ วัฒนธรรม ทวารวดีในจังหวัดนครปฐม เยี่ยมชมพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พระปฐมเจดีย์และพื้นที่โดยรอบ ซึ่งนับเป็นแหล่งอารยธรรมสำคัญและมีความเชื่อมโยงกับอาณาจักรศรีวิชัยในจังหวัดนครศรีธรรมราช สำหรับศิลปวัฒนธรรมในยุครัตนโกสินทร์นั้น เยาวชนโครงการรถไฟสันติสุข มีโอกาสเข้าเยี่ยมชม พระบรมมหาราชวัง และวัด พระศรีรัตนศาสดาราม ทั้งนี้ประวัติศาสตร์ อารยธรรม สถาปัตยกรรม และ ศิลปกรรม ที่มีความงดงามนั้น สร้างความประทับใจแก่เยาวชนเป็นอย่างมาก นำไปสู่การถ่ายทอดความรู้สึกดีงามผ่านการกล่าวสุนทรพจน์ และการแสดงพื้นบ้านที่เป็นภูมิปัญญาท้องถิ่น ต่อหน้าแขกผู้มีเกียรติที่เข้าร่วมพิธีปิดโครงการในวันที่ 2 กุมภาพันธ์ 2569
การดำเนินโครงการรถไฟสันติสุข ได้รับการสนับสนุนจากหน่วยงานภาครัฐจำนวนมาก เช่น สำนักงานสภาความมั่นคงแห่งชาติ กระทรวงศึกษาธิการ กระทรวงมหาดไทย กอ.รมน.ภาค 4 สน. การรถไฟ แห่งประเทศไทย กรมศิลปากร บ้านเด็กและครอบครัว สภาเด็กและเยาวชน โครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริหน่วยบัญชาการทหารพัฒนา ซึ่งถือเป็นการบูรณาการการทำงานให้เกิดขึ้นได้อย่างแท้จริง ทำให้โครงการรถไฟสันติสุข ประสบความสำเร็จลุล่วงตามวัตถุประสงค์ ที่ต้องการให้โครงการเป็นจุดเริ่มของการเดินทาง ไปเรียนรู้ ความหลากหลายของพหุวัฒนธรรมตั้งแต่อดีตจนถึงปัจจุบัน นำไปสู่การหลอมรวมสังคมให้เป็นหนึ่งเดียว ประชาชนอยู่ร่วมกันอย่างสันติสุข และยั่งยืนตลอดไป